История Боготольского района начинается с образования Боготольского поселения (с.Боготол). Предположительно это год 1703. С древних времен небольшая пойма реки Чулым привлекала людей своей красотой и обилием своих богатств. В XYII веке на территории Боготольской и Краснореченской волостях (Аргинское Причулымье) проживали тюркские племена, которых называли чулымскими татарами. От этнических тюркско-языческих племен было заимствовано название Боготол — Малая прекрасная долина. Русские люди поселились здесь в конце 17 века. Но благоприятные условия для развития русских поселений в причулымьи сложились только к 1703 году, когда прекратились постоянные набеги киргизов на поселения. Крестьяне Причулымья занимались земледелием, скотоводством. Села — Боготол, Красная Речка, Коробейники - первые поселения пашенных крестьян в Причулымье Ачинского острого. Крестьяне сеяли озимую рожь, пшеницу ярицу, овес, ячмень, гречиху, лен, просо, коноплю.

К середине 19 века с. Боготол стало значительным торговым центром близлежащей округи. Здесь практиковалась ярмарочная торговля. Важнейшее место в торговле занимал сбыт сала, масла коровьего, кож, овчин, зерна, муки, изделий кустарного промысла. Через своих торговых людей поддерживались связи с крупными торговыми центрами. Кроме всего оно имело 4 кожевенных завода, 5 мукомольных мельниц, 3 кирпичных завода. Кроме того, было развито кустарное ремесло. Кустари изготавливали мебель, сохи, телеги, сани, вилы, грабли, прялки, ткацкие станки, шили одежду, обувь, занимались обжигом извести, смолокурением. В 1896 году в селе проживало 4673 жителя. Для них были открыты больница, православная церковь, еврейский молитвенный дом, богодельни, два сельских училища — мужское и женское (общеобразовательные школы), лесное училище, поступить в которое было нелегко из-за высокого конкурса.

В 30-х годах ХХ века на территории района (на базе Аргинских лесов) создан Боготольский леспромхоз. Району ежегодно спускается план заготовки и вывозки древесины. В Арге занимаются сбором живицы и смолокурением. Создаются промысловые артели по переработке сырого леса, функционирует винокуренный завод, два льнозавода по первичной переработке льна, шесть паровых мельниц, десять маслобоен, бойня, шестнадцать кустарных пихтовареных и дектекуренных завода, шесть кустарных кирпичных завода, гончарная мастерская, одним из видов изделий которой являются телеграфные изоляторы.

В послевоенные годы (1949-50) происходит укрупнение колхозов, что позволило более рационально использовать технику МТС и в какой-то степени укрепить руководящий состав в укрупненных хозяйствах. Довоенный уровень производства сельхозпродукции был превзойден в 1950 году. На селе открываются семилетние школы, строятся электростанции.

В настоящее время в состав района входят 8 сельсоветов и 42 населенных пункта, численность населения составляет 12,4 тыс. чел. В районе функционируют 27 клубных учреждений, 21 библиотека (с филиалами), 3 участковые больницы, амбулатория, 25 фельдшерско-акушерских пунктов, 13 детских дошкольных учреждений, 20 общеобразовательных школ, социальный приют для детей и подростков, детский дом, социальный приют для престарелых; 32 предприятия сельского хозяйства (в том числе 20 фермерских хозяйств), 72 предприятия малого предпринимательства, в том числе 71 предприятия торговли (ИП), казенное предприятие жилищно-коммунального хозяйства «Услуга», ФГУ «Боготольский лесхоз».